İlk defa 1994 yılında öğrenci kabul eden Balıkesir Üniversitesi Endüstri  Mühendisliği Bölümü, üretim ve hizmet sektörünün talep etmiş olduğu Endüstri  Mühendislerini yetiştirmek üzere programını oluşturmuştur. İkinci öğretimi bulunmayan  ve  her yıl 40 yeni öğrenci kabul eden Balıkesir Üniversitesi Endüstri Mühendisliği Bölümü, 2000 yılında Çağış Kampusundaki yeni  binasına taşınmıştır.

Bölüm  programının  hazırlanmasında Ülkemiz Üniversitelerinin  Endüstri  Mühendisliği programlarının yanı sıra bir çok Uluslararası Üniversitenin  programları da incelenmiştir. Öğrenciler, derslerini teorik ve uygulamalı olarak modern  sınıflarda görmektedir.  Bölüm eğitiminde  uygulamaya ağırlık vermekte ve derslerini  mümkün olduğunca projeler eşliğinde ve uygulama laboratuarları   desteğinde  gerçekleştirmektedir.

İlk olarak temel mühendislik dersleri, ekonomi bilimi ve bilgisayar teknolojileri temelinde verilen eğitimlerin ardından Endüstri  Mühendisliği  dersleri verilmektedir. Diğer üniversitelerin  Endüstri Mühendisliği Bölümlerinden farklı olarak; seçmeli derslerin yanı sıra birçok ders  ana program dahilinde olmakta, böylelikle öğrencinin mezun olduğunda daha geniş bir bakış açısına sahip olması amaçlanmaktadır. Yıliçi Projelerinin hazırlandıktan sonra diğer bölüm  öğrencilerine sunumuyla teori ve pratik  birleştirilmeye çalışılmaktadır. Ayrıca ders programı ve içerikleri her yıl yenilenmekte, günümüz şartlarına uygun hale  sokulmaktadır.

Yüksek lisans programını 2001 yılında Endüstri Mühendisliği Anabilim Dalı üzerine açan bölümümüzden mezun olan öğrencilerimiz, kamu kurumları, eğitim kurumları, ulusal ve uluslararası özel sanayi kuruluşlarıyla geniş yelpazede istihdam edilme olanağına sahiptir.